Investigadores

	Nombre	Julio Aracena
	Unidad Académica	Departamento de Ingeniería Matemática, Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas, Universidad de Concepción
	Áreas de Investigación	Áreas en Ciencias Básicas: - Matemáticas Discretas
	Email
	Sitio Web Personal	http://www.ing-mat.udec.cl/~jaracena
	Teléfono	+56 - 041 - 2203461

*La información mostrada a continuación refleja las contribuciones desarrolladas por el investigador durante su participación en el centro o en colaboración con este. Para detalles adicionales, puede consultar su Sitio Web Personal.

Publicaciones (16) +

Número	Autores, Título y Datos de la Publicación	DOI Link
2025-02	Julio ARACENA, Luis CABRERA-CROT, Adrien RICHARD, Lilian SALINAS: Dynamically equivalent disjunctive networks. Theoretical Computer Science, vol. 1024, Paper No. 114899, (2025).	Link
2023-38	Julio ARACENA, Florian BRIDOUX, Luis GOMEZ, Lilian SALINAS: Complexity of limit cycles with block-sequential update schedules in conjunctive networks. Natural Computing, vol. 22, pp. 411-429 (2023).	Link
2023-22	Julio ARACENA, Adrien RICHARD, Lilian SALINAS: Synchronizing Boolean networks asynchronously. Journal of Computer and System Sciences, vol. 136, 249-279 (2023).	Link
2023-02	Julio ARACENA, Christopher THRAVES: The weighted sitting closer to friends than enemies problem in the line. Journal of Combinatorial Optimization, vol. 45, article: 9 (2023).	Link
2021-22	Julio ARACENA, Luis CABRERA-CROT, Lilian SALINAS: Finding the fixed points of a Boolean network from a positive feedback vertex set. Bioinformatics, vol. 37, 8, pp. 1148-1155, (2021).	Link
2020-49	Julio ARACENA, Maximilien GADOULEAU, Adrien RICHARD, Lilian SALINAS: Fixing monotone Boolean networks asynchronously. Information and Computation, vol. 274, Art. Num. 104540, (2020).	Link
2017-27	Julio ARACENA, Adrien RICHARD, Lilian SALINAS: Number of fixed points and disjoint cycles in monotone Boolean networks. SIAM Journal on Discrete Mathematics, vol. 31, 3, pp. 1702-1725, (2017).	Link
2017-20	Julio ARACENA, Adrien RICHARD, Lilian SALINAS: Fixed points in conjunctive networks and maximal independent sets in graph contractions. Journal of Computer and System Sciences, vol. 88, pp. 145-163, (2017).	Link
2016-13	Julio ARACENA, Eduardo PALMA, Lilian SALINAS: Enumeration and extension of non-equivalent deterministic update schedules in Boolean networks. Bioinformatics, vol. 32, 5, pp. 722-729, (2016).	Link
2014-16	Julio ARACENA, Adrien RICHARD, Lilian SALINAS: Maximum number of fixed points in AND-OR Boolean network. Journal of Computer and System Sciences, vol. 80, pp. 1175-1190, (2014).	Link
2013-24	Julio ARACENA, Laurence CALZONE, Jean - Paul COMET, Jacques DEMONGEOT, Marcelle KAUFMAN, Aurélien NALDI, Adrien RICHARD, El Houssine SNOUSSI, Denis THIEFFRY: On circuit functionality in Boolean networks. Bulletin of Mathematical Biology, vol. 75, 6, pp. 906-919, (2013).	Link
2013-13	Julio ARACENA, Jacques DEMONGEOT, Eric FANCHON, Marco MONTALVA: On the number of update digraphs and its relation with the feedback arc sets and tournaments. Discrete Applied Mathematics, vol. 161, 10-11, pp. 1345-1355, (2013).	Link
2013-07	Julio ARACENA, Jacques DEMONGEOT, Eric FANCHON, Marco MONTALVA: On the number of different dynamics in Boolean networks with deterministic update schedules. Mathematical Biosciences, vol. 242, 2, pp. 188-194, (2013).	Link
2013-01	Julio ARACENA, Luis GOMEZ, Lilian SALINAS: Limit cycles and update digraphs in Boolean networks. Discrete Applied Mathematics, vol. 161, 1-2, pp. 1-12, (2013).	Link
2011-09	Julio ARACENA, Eric FANCHON, Marco MONTALVA, Mathilde NOUAL: Combinatorics on update digraphs in Boolean networks. Discrete Applied Mathematics, vol. 159, 6, pp. 401–409, (2011).	Link
2009-13	Julio ARACENA, Eric GOLES, Andres MOREIRA, Lilian SALINAS: On the robustness of update schedules in Boolean networks. Biosystems, vol. 97, 1, pp. 1-8, (2009)	Link

Proceedings (0) +

Número	Autores, Título y Datos del Proceeding
(Actualmente, no se han registrado proceedings del investigador asociados al centro)

Prepublicaciones (8+12) +

Prepublicaciones
Número	Autores y Título
2025-02	Julio ARACENA, Arturo ZAPATA-CORTÉS: Hamiltonian dynamics of boolean networks.
2024-24	Julio ARACENA, Raúl ASTETE-ELGUIN: K-independent boolean networks.
2022-09	Julio ARACENA, Florian BRIDOUX, Luis GOMEZ, Lilian SALINAS: Complexity of limit cycles with block-sequential update schedules in conjunctive networks.
2019-24	Julio ARACENA, Christopher THRAVES: The weighted sitting closer to friends than enemies problem in the line.
2018-45	Julio ARACENA, Felipe BENÍTEZ, Christopher THRAVES: The sitting closer to friends than enemies problem in the circumference.
2016-04	Julio ARACENA, Adrien RICHARD, Lilian SALINAS: Number of fixed points and disjoint cycles in monotone Boolean networks.
2014-30	Julio ARACENA, Luis GOMEZ, Lilian SALINAS: Complexity of limit cycle existence and feasibility problems in Boolean networks.
2011-21	Julio ARACENA, Jacques DEMONGEOT, Eric FANCHON, Marco MONTALVA: On the number of update digraphs and its relation with the feedback arc sets and tournaments.

Prepublicaciones que Dieron Origen a Publicaciónes Definitivas
Número	Autores y Título
2024-23	Julio ARACENA, Luis CABRERA-CROT, Adrien RICHARD, Lilian SALINAS: Dynamically equivalent disjunctive networks.
2022-08	Julio ARACENA, Adrien RICHARD, Lilian SALINAS: Synchronizing Boolean networks asynchronously.
2020-05	Julio ARACENA, Luis CABRERA-CROT, Lilian SALINAS: Finding the fixed points of a Boolean network from a positive feedback vertex set.
2018-04	Julio ARACENA, Maximilien GADOULEAU, Adrien RICHARD, Lilian SALINAS: Fixing monotone Boolean networks asynchronously.
2015-25	Julio ARACENA, Adrien RICHARD, Lilian SALINAS: Fixed points in conjunctive networks and maximal independent sets in graph contractions.
2015-08	Julio ARACENA, Eduardo PALMA, Lilian SALINAS: Enumeration and extension of non-equivalent deterministic update schedules in Boolean networks.
2013-02	Julio ARACENA, Adrien RICHARD, Lilian SALINAS: Maximum number of fixed points in AND-OR Boolean network.
2012-12	Julio ARACENA, Jacques DEMONGEOT, Eric FANCHON, Marco MONTALVA: On the number of different dynamics in Boolean networks with deterministic update schedules.
2012-12	Julio ARACENA, Jacques DEMONGEOT, Eric FANCHON, Marco MONTALVA: On the number of different dynamics in Boolean networks with deterministic update schedules.
2012-10	Julio ARACENA, Laurence CALZONE, Jean - Paul COMET, Jacques DEMONGEOT, Marcelle KAUFMAN, Aurélien NALDI, Adrien RICHARD, El Houssine SNOUSSI, Denis THIEFFRY: On circuit functionality in Boolean networks.
2010-11	Julio ARACENA, Luis GOMEZ, Lilian SALINAS: Limit cycles and update digraphs in Boolean networks.
2009-24	Julio ARACENA, Eric FANCHON, Marco MONTALVA, Mathilde NOUAL: Combinatorics on update digraphs of discrete networks.

Proyectos (6) +

Agencia	Número	Vigencia	Investigadores: Título	Tipo
FONDECYT	1151265	2015 Mar 2019 Feb	Julio ARACENA [P], Lilian SALINAS: Signed Interaction Digraph and Fixed Points in Boolean Networks.	Ciencias Básicas
AFB	170001	2013 May 2021 May	Gabriel N. GATICA [P], Julio ARACENA, Rodolfo ARAYA, Fernando BETANCOURT, Raimund BÜRGER, Rommel BUSTINZA, Jessika CAMAÑO, Anahi GAJARDO, Luis F. GATICA, David MORA, Ricardo OYARZÚA, Rodolfo RODRÍGUEZ, Mauricio SEPÚLVEDA, Manuel SOLANO, Luis M. VILLADA: Centro de Modelamiento Matemático (CMM), Universidad de Chile.	Ciencias Básicas
FONDECYT	1131013	2013 Mar 2016 Feb	Lilian SALINAS [P], Julio ARACENA: Limit Cycles and Deterministic Update in Boolean Networks.	Ciencias Básicas
AICyT	PBCT-ACT 87	2010 Mar 2013 Mar	Julio ARACENA [P]: Quantitative Methods in Security, Instituto Sistemas Complejos de Ingeniería (ISCI) de la Universidad de Chile.	Ciencias Básicas
FONDECYT	1090549	2009 Mar 2012 Feb	Julio ARACENA [P]: Robustness of Update Schedules in Boolean Networks.	Ciencias Básicas
PFB	03	2008 Mar 2018 Mar	Raimund BÜRGER [P], Julio ARACENA, Rodolfo ARAYA, Fernando BETANCOURT, Rommel BUSTINZA, Fabián FLORES-BAZÁN, Anahi GAJARDO, Gabriel N. GATICA, Carlos M. MORA, Rodolfo RODRÍGUEZ, Mauricio SEPÚLVEDA, Manuel SOLANO: Centro de Modelamiento Matemático (CMM), Universidad de Chile.	Ciencias Básicas

Libros (0) +

Autores	Título	Descripción
(Actualmente, no se han registrado libros publicados del investigador asociados al centro)

Director/Codirector de Tesis Posgrado (1+4) +

Alumnos Tesistas de Posgrado Actuales
Aprobacion Tesis	Nombre	Título de la Tesis	Programa	Directores
2024-08-21	De La Hoz, Katerin	Existence and inference of Boolean networks with restrictions	Doctorado en Ciencias de la Computación, Universidad de Concepción	Julio Aracena, Lilian Salinas

Alumnos Tesistas de Posgrado Graduados
Defensa de Tesis	Nombre	Título de la Tesis	Programa	Directores
2024-07-10	Astete, Raúl	k-Independent Boolean networks	Magíster en Ciencias de la Computación, Universidad de Concepción	Julio Aracena
2024-01-01	Cabrera, Luis	Study of the block-sequential operator on Boolean networks. Application to discrete network analysis	Doctorado en Ciencias de la Computación, Universidad de Concepción	Julio Aracena, Adrien Richard, Lilian Salinas
2015-01-06	Gómez, Luis M.	Dinámica de Redes Discretas con Esquemas de Actualización Deterministas. Aplicación a las Redes de Regulación Génica.	Doctorado en Ciencias Aplicadas con mención en Ingeniería Matemática, Universidad de Concepción	Julio Aracena
2011-08-18	Montalva, Marco	Problemas de Conjuntos Recubridores de Ciclos y Comportamiento Dinámico en Redes Regulatorias	Doctorado en Ciencias Aplicadas con mención en Ingeniería Matemática, Universidad de Concepción	Julio Aracena, Jacques Demongeot

Director/Codirector de Tesis Pregrado (0+6) +

Alumnos Tesistas de Pregrado Actuales
Aprobacion Tesis	Nombre	Título de la Tesis	Carrera	Directores
(Actualmente, no se han registrado tesistas de pregrado asociados al investigador en el centro)

Alumnos Tesistas de Pregrado Graduados
Defensa de Tesis	Nombre	Título de la Tesis	Carrera	Directores
2024-03-26	Astete, Raúl	k-Independencia en redes Booleanas	Ingeniería Civil Matemática, Universidad de Concepción	Julio Aracena
2024-03-01	Opazo, Catalina	Puntos fijos polarizados y de consenso en redes Booleanas	Ingeniería Civil Matemática, Universidad de Concepción	Julio Aracena
2024-01-24	Cartes, Víctor	Switch equivalencia en multigrafos y digrafos con signo	Ingeniería Civil Matemática, Universidad de Concepción	Julio Aracena
2023-10-19	Guzmán, Alvaro	Criterio de selección para reducir el número de comparaciones de similitud genómica utilizando sketches	Ingeniería Civil Matemática, Universidad de Concepción	Julio Aracena, Cecilia Hernández
2022-01-27	Zapata, Arturo	Dinámicas hamiltonianas en redes booleanas	Ingeniería Civil Matemática, Universidad de Concepción	Julio Aracena
2020-12-09	De La Hoz, Katerin	Puntos fijos en redes booleanas regulatorias con digrafo de interacción intercíclico	Ingeniería Civil Matemática, Universidad de Concepción	Julio Aracena

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